home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00570 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  42 lines
  1. *************************************************************
  2. * Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signatures *
  3. *************************************************************
  4.  
  5. Respiratory-chain NADH dehydrogenase (EC 1.6.5.3) [1,2] (also known as complex
  6. I  or  NADH-ubiquinone  oxidoreductase) is  an  oligomeric  enzymatic  complex
  7. located  in the inner  mitochondrial membrane  which  also  seems  to exist in
  8. the chloroplast and in cyanobacteria (as a NADH-plastoquinone oxidoreductase).
  9. Among the 25 to 30 polypeptide  subunits  of  this bioenergetic enzyme complex
  10. there are fifteen which are located  in  the membrane part, seven of which are
  11. encoded by the mitochondrial and chloroplast genomes of most species. The most
  12. conserved of these organelle-encoded subunits is  known as subunit 1 (gene ND1
  13. in mitochondrion, and NDH1 in chloroplast) and seems to contain the ubiquinone
  14. binding site.
  15.  
  16. The ND1 subunit is highly  similar  to  subunit 4 of  Escherichia coli formate
  17. hydrogenlyase (gene  hycD). Paracoccus denitrificans NQO8 and Escherichia coli
  18. nuoH NADH-ubiquinone oxidoreductase subunits also belong to this family [3].
  19.  
  20. We have developed two signature  patterns based  on  conserved regions of this
  21. subunit.
  22.  
  23. -Consensus pattern: G-[LIVMFYKRS]-[LIVMAGP]-Q-x-[LIVMFY]-x-D-[AGIM]-[LIVMFT]-
  24.                     K-[LVMYT]-[LIVMFYG]-x-[KR]-[EQG]
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  26.  for watermelon and Leishmania ND1.
  27. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  28.  
  29. -Consensus pattern: P-F-D-[LIVMFYQ]-[STAGPVM]-E-[GAC]-E-x-[EQ]-[LIVMS]-x(2)-G
  30. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  31.  for Chlamydomonas reinhardtii and Pisaster ochraceus ND1, and tobacco NDH1.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  33.  
  34. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  35.  
  36. [ 1] Ragan C.I.
  37.      Curr. Top. Bioenerg. 15:1-36(1987).
  38. [ 2] Weiss H., Friedrich T., Hofhaus G., Preis D.
  39.      Eur. J. Biochem. 197:563-576(1991).
  40. [ 3] Weidner U., Geier S., Ptock A., Friedrich T., Leif H., Weiss H.
  41.      J. Mol. Biol. 233:109-122(1993).
  42.